Variant report

Variant	rs6647747
Chromosome Location	chrX:74697189-74697190
allele	G/T
Outlinks	Ensembl UCSC

Chromatin state
Related regulatory elements
Target genes
Other information

Extended variants
information (count: 61 )
Associated
traits (count: 0)

rSNPs within LD-proxies of this variant (count:60)

rs_ID	r²[population]
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rs5938065	1.00[ASW][hapmap];1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
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rs5938079	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[TSI][hapmap]
rs5938085	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[TSI][hapmap]
rs5938091	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[TSI][hapmap]
rs5981343	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5981358	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5981362	0.92[ASW][hapmap];1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.91[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];0.98[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];0.86[YRI][hapmap]
rs5981834	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs6647105	1.00[ASW][hapmap];1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];0.86[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[MKK][hapmap];0.95[YRI][hapmap]
rs6647123	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.82[YRI][hapmap]
rs6647687	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[TSI][hapmap]
rs6647741	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs7052066	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[TSI][hapmap]
rs7885952	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs7886499	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];0.80[YRI][hapmap]

Variant overlapped rSNPs/rCNVs (count:1 , 50 per page) page: 1

No.	Variant name	Chromosome position	Chromatin state	Related regulatory elements	Target genes	Extended variants	Associated traits
1	nsv534539	chrX:74669627-75200415	Enhancers Weak transcription Flanking Active TSS Active TSS Strong transcription Bivalent/Poised TSS ZNF genes & repeats Bivalent Enhancer Flanking Bivalent TSS/Enh	TF binding region CpG island Chromatin interactive region lncRNA	11 gene(s)	inside rSNPs	diseases

No data

Chromatin state (count:9 , 50 per page) page: 1

No.	Chromosome Location	Chromatin state	Cell line	Tissue
1	chrX:74667400-74701400	Weak transcription	Aorta	Aorta
2	chrX:74688400-74697200	Weak transcription	Duodenum Smooth Muscle	Duodenum
3	chrX:74691000-74697400	Weak transcription	Primary hematopoietic stem cells	blood
4	chrX:74691600-74699800	Weak transcription	Left Ventricle	heart
5	chrX:74693400-74706600	Weak transcription	Ovary	ovary
6	chrX:74696000-74697600	Weak transcription	HUES64 Cell Line	embryonic stem cell
7	chrX:74696600-74699800	Weak transcription	Cortex derived primary cultured neurospheres	brain
8	chrX:74696800-74700200	Weak transcription	Brain Germinal Matrix	brain
9	chrX:74697000-74697600	ZNF genes & repeats	Primary hematopoietic stem cells G-CSF-mobilized Male	--

The 2.0 version of rSNPBase

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