Variant report

Variant	rs2249872
Chromosome Location	chr1:159146937-159146938
allele	A/T
Outlinks	Ensembl UCSC

Chromatin state
Related regulatory elements
Target genes
Other information

No.	Transcrition factor	Chromosome Location	Cell Line	Cell type	Cell Stage	Matched TF binding sites
1	REST	chr1:159146821-159147659	K562	blood:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
2	REST	chr1:159146853-159147677	PFSK-1	brain:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
3	REST	chr1:159146822-159147637	H1-neurons	neurons:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
4	REST	chr1:159146692-159147793	PFSK-1	brain:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
5	RCOR1	chr1:159146905-159147527	IMR90	lung:	n/a	n/a
6	REST	chr1:159146880-159147676	MCF-7	breast:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
7	REST	chr1:159146916-159147624	Hela-S3	cervix:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
8	SIN3AK20	chr1:159146867-159147432	MCF-7	breast:	n/a	n/a
9	REST	chr1:159146712-159147887	ECC-1	luminal epithelium:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
10	REST	chr1:159146642-159147774	Hela-S3	cervix:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
11	SREBP1	chr1:159146819-159147708	GM12878	blood:	n/a	n/a
12	TEAD4	chr1:159146934-159147541	A549	lung:	n/a	n/a
13	REST	chr1:159146872-159147608	U87	brain:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
14	REST	chr1:159146806-159147694	PANC-1	pancreas:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
15	REST	chr1:159146841-159147705	GM12878	blood:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
16	REST	chr1:159146726-159147873	ECC-1	luminal epithelium:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
17	REST	chr1:159146874-159147606	U87	brain:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
18	REST	chr1:159146926-159147615	H1-hESC	embryonic stem cell:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
19	REST	chr1:159146918-159147645	PANC-1	pancreas:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
20	REST	chr1:159146809-159147645	SK-N-SH	brain:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
21	REST	chr1:159146211-159148081	HL-60	blood:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
22	REST	chr1:159146845-159147700	HCT-116	colon:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
23	REST	chr1:159146686-159147739	HL-60	blood:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
24	REST	chr1:159146621-159148113	A549	lung:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
25	REST	chr1:159146824-159147636	HepG2	liver:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
26	REST	chr1:159146934-159147657	H1-hESC	embryonic stem cell:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
27	REST	chr1:159146553-159147866	MCF-7	breast:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303
28	REST	chr1:159146931-159147648	GM12878	blood:	n/a	chr1:159147239-159147259 chr1:159147289-159147309 chr1:159147240-159147258 chr1:159147242-159147255 chr1:159147289-159147309 chr1:159147292-159147305 chr1:159147245-159147259 chr1:159147244-159147253 chr1:159147239-159147259 chr1:159147294-159147303

No.	Distal block	Cell Line	Cell type	Cell Stage
1	chr1:159144589..159147038-chr1:159152524..159154335,2	K562	blood:
2	chr1:159146395..159148163-chr1:159149908..159151548,2	K562	blood:

Variant related genes	Relation type
RNA5SP60	TF binding region

Extended variants
information (count: 11 )
Associated
traits (count: 0)

rSNPs within LD-proxies of this variant (count:11)

rs_ID	r²[population]
rs2249581	0.93[AFR][1000 genomes];0.97[AMR][1000 genomes];0.95[EUR][1000 genomes];1.00[ASN][1000 genomes]
rs2249866	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.96[YRI][hapmap];0.93[AFR][1000 genomes];1.00[AMR][1000 genomes];0.99[EUR][1000 genomes];0.98[ASN][1000 genomes]
rs2253114	0.95[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.87[YRI][hapmap];0.88[AFR][1000 genomes];0.97[AMR][1000 genomes];0.99[EUR][1000 genomes];1.00[ASN][1000 genomes]
rs2253837	0.98[AMR][1000 genomes];0.97[EUR][1000 genomes];0.98[ASN][1000 genomes]
rs2518560	0.82[YRI][hapmap];0.83[AFR][1000 genomes]
rs2814773	0.88[AFR][1000 genomes];0.97[AMR][1000 genomes];0.99[EUR][1000 genomes];1.00[ASN][1000 genomes]
rs2852714	0.95[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.92[YRI][hapmap];0.86[AFR][1000 genomes];0.97[AMR][1000 genomes];0.99[EUR][1000 genomes];1.00[ASN][1000 genomes]
rs2852715	0.90[AFR][1000 genomes];0.97[AMR][1000 genomes];0.99[EUR][1000 genomes];1.00[ASN][1000 genomes]
rs28695249	0.86[AFR][1000 genomes];0.97[AMR][1000 genomes];0.98[EUR][1000 genomes];1.00[ASN][1000 genomes]
rs3026996	0.81[EUR][1000 genomes]
rs3027001	0.86[CEU][hapmap]

No data

Chromatin state (count:14 , 50 per page) page: 1

No.	Chromosome Location	Chromatin state	Cell line	Tissue
1	chr1:159143000-159156800	Weak transcription	H1 BMP4 Derived Mesendoderm Cultured Cells	ES cell derived
2	chr1:159143200-159155600	Weak transcription	hESC Derived CD56+ Mesoderm Cultured Cells	ES cell derived
3	chr1:159143400-159150200	Weak transcription	Brain Substantia Nigra	brain
4	chr1:159143400-159151600	Weak transcription	H1 Derived Neuronal Progenitor Cultured Cells	ES cell derived
5	chr1:159143600-159155800	Weak transcription	H9 Derived Neuron Cultured Cells	ES cell derived
6	chr1:159143600-159157600	Weak transcription	Placenta	Placenta
7	chr1:159144000-159154200	Weak transcription	Brain Germinal Matrix	brain
8	chr1:159145000-159150600	Weak transcription	Brain Inferior Temporal Lobe	brain
9	chr1:159145000-159157400	Weak transcription	Brain Cingulate Gyrus	brain
10	chr1:159145200-159148800	Weak transcription	Brain Dorsolateral Prefrontal Cortex	brain
11	chr1:159145800-159148600	Weak transcription	Brain Angular Gyrus	brain
12	chr1:159145800-159154800	Weak transcription	Brain Anterior Caudate	brain
13	chr1:159146000-159147000	Weak transcription	Fetal Brain Male	brain
14	chr1:159146400-159147000	Strong transcription	Fetal Brain Female	brain

The 2.0 version of rSNPBase

Variant report

Quick Search:

what's new

Quick links