Variant report

Variant	rs6445600
Chromosome Location	chr3:51087892-51087893
allele	A/G
Outlinks	Ensembl UCSC

Chromatin state
Related regulatory elements
Target genes
Other information

Extended variants
information (count: 225 )
Associated
traits (count: 3 )

rSNPs within LD-proxies of this variant (count:224)

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rs9878100	1.00[ASW][hapmap];0.86[CHB][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[MKK][hapmap];0.85[TSI][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs9883739	0.86[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap];0.82[AFR][1000 genomes];0.80[AMR][1000 genomes]

Variant overlapped rSNPs/rCNVs (count:1 , 50 per page) page: 1

No.	Variant name	Chromosome position	Chromatin state	Related regulatory elements	Target genes	Extended variants	Associated traits
1	nsv491647	chr3:50856276-51245158	Enhancers ZNF genes & repeats Weak transcription Active TSS Flanking Active TSS Strong transcription Bivalent Enhancer Flanking Bivalent TSS/Enh Bivalent/Poised TSS Genic enhancers	TF binding region CpG island Chromatin interactive region lncRNA	4 gene(s)	inside rSNPs	diseases

mRNA abundance (count:3)

SNP	Gene	Cis/trans	Tissue	Source
rs6445600	TMEM115	cis	cerebellum	SCAN
rs6445600	MAPKAPK3	cis	multi-tissue	Pritchard
rs6445600	NCKIPSD	cis	cerebellum	SCAN

Chromatin state (count:2 , 50 per page) page: 1

No.	Chromosome Location	Chromatin state	Cell line	Tissue
1	chr3:51086800-51092000	Weak transcription	H1 Derived Neuronal Progenitor Cultured Cells	ES cell derived
2	chr3:51086800-51094600	Weak transcription	ES-UCSF4 Cell Line	embryonic stem cell

The 2.0 version of rSNPBase

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