Variant report

Variant	rs11679814
Chromosome Location	chr2:86041681-86041682
allele	C/T
Outlinks	Ensembl UCSC

Chromatin state
Related regulatory elements
Target genes
Other information

No.	Transcrition factor	Chromosome Location	Cell Line	Cell type	Cell Stage	Matched TF binding sites
1	RAD21	chr2:86041142-86041802	HepG2	liver:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041501-86041520
2	SMC3	chr2:86040730-86042327	SK-N-SH	brain:	n/a	chr2:86041505-86041519 chr2:86041037-86041047
3	CHD2	chr2:86041344-86041691	H1-hESC	embryonic stem cell:	n/a	n/a
4	ZNF143	chr2:86041334-86041694	H1-hESC	embryonic stem cell:	n/a	n/a
5	RAD21	chr2:86041129-86041815	ECC-1	luminal epithelium:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041501-86041520
6	CTCF	chr2:86041273-86041806	MCF-7	breast:	n/a	chr2:86041504-86041520 chr2:86041498-86041519 chr2:86041503-86041521 chr2:86041505-86041518
7	RAD21	chr2:86041273-86041720	GM12878	blood:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041501-86041520
8	CTCF	chr2:86041192-86041829	MCF-7	breast:	n/a	chr2:86041504-86041520 chr2:86041498-86041519 chr2:86041503-86041521 chr2:86041505-86041518
9	CTCF	chr2:86041154-86041728	GM12878	blood:	n/a	chr2:86041504-86041520 chr2:86041498-86041519 chr2:86041503-86041521 chr2:86041505-86041518
10	YY1	chr2:86041341-86041682	GM12892	blood:	n/a	n/a
11	RAD21	chr2:86041240-86041703	HepG2	liver:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041501-86041520
12	RAD21	chr2:86041243-86041731	A549	lung:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041501-86041520
13	MAX	chr2:86041289-86041752	H1-hESC	embryonic stem cell:	n/a	n/a
14	RAD21	chr2:86041182-86041741	H1-hESC	embryonic stem cell:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041501-86041520
15	RAD21	chr2:86041150-86041864	MCF-7	breast:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041501-86041520
16	RAD21	chr2:86041058-86041949	IMR90	lung:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041501-86041520
17	CHD1	chr2:86041185-86041873	IMR90	lung:	n/a	n/a
18	ZNF143	chr2:86041324-86041693	GM12878	blood:	n/a	n/a
19	RAD21	chr2:86041275-86041707	HepG2	liver:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041501-86041520
20	SMC3	chr2:86041293-86041717	K562	blood:	n/a	chr2:86041505-86041519
21	CTCF	chr2:86041306-86041730	K562	blood:	n/a	chr2:86041504-86041520 chr2:86041498-86041519 chr2:86041503-86041521 chr2:86041505-86041518
22	CTCF	chr2:86041340-86041684	GM12891	blood:	n/a	chr2:86041504-86041520 chr2:86041498-86041519 chr2:86041503-86041521 chr2:86041505-86041518
23	TCF12	chr2:86040998-86041871	A549	lung:	n/a	chr2:86041563-86041570 chr2:86041101-86041109
24	CTCF	chr2:86041038-86041943	HCT-116	colon:	n/a	chr2:86041504-86041520 chr2:86041498-86041519 chr2:86041049-86041062 chr2:86041038-86041048 chr2:86041503-86041521 chr2:86041505-86041518
25	BCL3	chr2:86041034-86041752	A549	lung:	n/a	chr2:86041502-86041510
26	RAD21	chr2:86041112-86041806	MCF-7	breast:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041501-86041520
27	ZNF263	chr2:86041217-86042093	HEK293-T-REx	kidney:	n/a	chr2:86041536-86041557
28	CTCF	chr2:86041346-86041681	GM12878	blood:	n/a	chr2:86041504-86041520 chr2:86041498-86041519 chr2:86041503-86041521 chr2:86041505-86041518
29	CTCF	chr2:86041311-86041700	T-47D	breast:	n/a	chr2:86041504-86041520 chr2:86041498-86041519 chr2:86041503-86041521 chr2:86041505-86041518
30	CTCF	chr2:86041287-86041794	IMR90	lung:	n/a	chr2:86041504-86041520 chr2:86041498-86041519 chr2:86041503-86041521 chr2:86041505-86041518
31	SMC3	chr2:86041029-86041734	Hela-S3	cervix:	n/a	chr2:86041505-86041519 chr2:86041037-86041047
32	RAD21	chr2:86041211-86041818	ECC-1	luminal epithelium:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041501-86041520
33	CTCF	chr2:86041165-86041773	A549	lung:	n/a	chr2:86041504-86041520 chr2:86041498-86041519 chr2:86041503-86041521 chr2:86041505-86041518
34	RAD21	chr2:86041061-86041951	HCT-116	colon:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041501-86041520
35	MBD4	chr2:86041265-86041728	HepG2	liver:	n/a	n/a
36	RAD21	chr2:86041178-86041788	A549	lung:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041501-86041520
37	CTCF	chr2:86041336-86041690	GM12892	blood:	n/a	chr2:86041504-86041520 chr2:86041498-86041519 chr2:86041503-86041521 chr2:86041505-86041518
38	MAZ	chr2:86040816-86041870	IMR90	lung:	n/a	n/a
39	RAD21	chr2:86041194-86041708	H1-hESC	embryonic stem cell:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041501-86041520
40	CTCF	chr2:86041199-86041709	A549	lung:	n/a	chr2:86041504-86041520 chr2:86041498-86041519 chr2:86041503-86041521 chr2:86041505-86041518
41	CTCF	chr2:86041234-86041744	HepG2	liver:	n/a	chr2:86041504-86041520 chr2:86041498-86041519 chr2:86041503-86041521 chr2:86041505-86041518
42	RAD21	chr2:86041080-86041950	HCT-116	colon:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041501-86041520
43	CTCF	chr2:86041278-86041724	K562	blood:	n/a	chr2:86041504-86041520 chr2:86041498-86041519 chr2:86041503-86041521 chr2:86041505-86041518
44	MAX	chr2:86041288-86041728	H1-hESC	embryonic stem cell:	n/a	n/a
45	RAD21	chr2:86041049-86041725	H1-hESC	embryonic stem cell:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041501-86041520
46	RAD21	chr2:86040628-86042158	SK-N-SH	brain:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041037-86041047 chr2:86041501-86041520
47	CTCF	chr2:86041347-86041684	GM19238	blood:	n/a	chr2:86041504-86041520 chr2:86041498-86041519 chr2:86041503-86041521 chr2:86041505-86041518
48	RAD21	chr2:86041184-86041687	SK-N-SH_RA	brain:	n/a	chr2:86041503-86041515 chr2:86041501-86041520
49	CTCF	chr2:86041124-86041868	HCT-116	colon:	n/a	chr2:86041504-86041520 chr2:86041498-86041519 chr2:86041503-86041521 chr2:86041505-86041518
50	GTF2F1	chr2:86041357-86041695	H1-hESC	embryonic stem cell:	n/a	n/a

No.	Distal block	Cell Line	Cell type
1	chr2:86041294..86041978-chr2:86054251..86055110,2	K562	blood:
2	chr2:85977336..85978647-chr2:86040499..86041691,7	MCF-7	breast:
3	chr2:85955821..85957008-chr2:86041027..86041954,12	MCF-7	breast:
4	chr2:85963690..85965421-chr2:86040273..86041784,2	MCF-7	breast:
5	chr2:85977304..85978300-chr2:86041004..86041953,11	MCF-7	breast:
6	chr2:85996969..85997680-chr2:86041024..86041767,2	K562	blood:
7	chr2:85977766..85978267-chr2:86041056..86041985,2	K562	blood:
8	chr2:85906761..85907337-chr2:86041197..86041830,2	K562	blood:
9	chr2:85933286..85934066-chr2:86041050..86041981,2	K562	blood:
10	chr2:85955246..85956833-chr2:86040551..86042336,26	MCF-7	breast:

Variant related genes	Relation type
ENSG00000229498	TF binding region
ENSG00000168874	Chromatin interaction
ENSG00000199687	Chromatin interaction

Extended variants
information (count: 28 )
Associated
traits (count: 0)

rSNPs within LD-proxies of this variant (count:28)

rs_ID	r²[population]
rs11673740	0.82[EUR][1000 genomes];0.96[ASN][1000 genomes]
rs11673983	1.00[YRI][hapmap];0.99[AFR][1000 genomes];1.00[AMR][1000 genomes];1.00[EUR][1000 genomes];1.00[ASN][1000 genomes]
rs11674128	0.82[EUR][1000 genomes];0.96[ASN][1000 genomes]
rs11675032	0.95[EUR][1000 genomes];0.99[ASN][1000 genomes]
rs11676743	1.00[AMR][1000 genomes];1.00[EUR][1000 genomes];1.00[ASN][1000 genomes]
rs11679628	1.00[EUR][1000 genomes];1.00[ASN][1000 genomes]
rs11679818	0.96[EUR][1000 genomes];1.00[ASN][1000 genomes]
rs11680472	0.80[EUR][1000 genomes]
rs11681094	0.95[EUR][1000 genomes]
rs11682180	0.88[EUR][1000 genomes];0.99[ASN][1000 genomes]
rs11682653	0.95[EUR][1000 genomes]
rs11683378	0.91[EUR][1000 genomes]
rs11688602	0.88[ASN][1000 genomes]
rs11690193	0.82[EUR][1000 genomes];0.96[ASN][1000 genomes]
rs11690888	0.89[EUR][1000 genomes];0.99[ASN][1000 genomes]
rs11692513	1.00[EUR][1000 genomes];1.00[ASN][1000 genomes]
rs11895873	0.80[AFR][1000 genomes];1.00[AMR][1000 genomes];1.00[EUR][1000 genomes];1.00[ASN][1000 genomes]
rs13391970	1.00[EUR][1000 genomes];1.00[ASN][1000 genomes]
rs13399063	0.89[YRI][hapmap];0.80[AFR][1000 genomes];1.00[AMR][1000 genomes];1.00[EUR][1000 genomes];1.00[ASN][1000 genomes]
rs57085204	1.00[EUR][1000 genomes];1.00[ASN][1000 genomes]
rs57482155	0.99[ASN][1000 genomes]
rs57648087	0.82[EUR][1000 genomes];0.96[ASN][1000 genomes]
rs58383548	0.82[EUR][1000 genomes];0.96[ASN][1000 genomes]
rs58666667	0.96[ASN][1000 genomes]
rs58829348	0.89[EUR][1000 genomes];0.86[ASN][1000 genomes]
rs59797249	0.99[ASN][1000 genomes]
rs7563145	0.89[YRI][hapmap];1.00[AMR][1000 genomes];1.00[EUR][1000 genomes];1.00[ASN][1000 genomes]
rs7590113	0.93[YRI][hapmap];0.82[AFR][1000 genomes];1.00[AMR][1000 genomes];1.00[EUR][1000 genomes];1.00[ASN][1000 genomes]

No data

Chromatin state (count:21 , 50 per page) page: 1

No.	Chromosome Location	Chromatin state	Cell line	Tissue
1	chr2:86024600-86043600	Weak transcription	Right Ventricle	heart
2	chr2:86029800-86054400	Weak transcription	Spleen	Spleen
3	chr2:86037600-86042600	Enhancers	Skeletal Muscle Female	skeletal muscle
4	chr2:86039000-86042400	Weak transcription	Left Ventricle	heart
5	chr2:86039800-86042000	Weak transcription	iPS DF 19.11 Cell Line	embryonic stem cell
6	chr2:86039800-86074800	Weak transcription	Aorta	Aorta
7	chr2:86040800-86042000	Enhancers	Brain Hippocampus Middle	brain
8	chr2:86040800-86042400	Enhancers	Skeletal Muscle Male	skeletal muscle
9	chr2:86040800-86042600	Enhancers	A549	lung
10	chr2:86041000-86041800	Enhancers	Foreskin Fibroblast Primary Cells skin01	Skin
11	chr2:86041000-86041800	Enhancers	Brain Germinal Matrix	brain
12	chr2:86041000-86042200	Enhancers	Foreskin Fibroblast Primary Cells skin02	Skin
13	chr2:86041000-86042200	Enhancers	Foreskin Melanocyte Primary Cells skin01	Skin
14	chr2:86041000-86042600	Bivalent Enhancer	Fetal Muscle Trunk	muscle
15	chr2:86041000-86042600	Enhancers	Pancreas	Pancrea
16	chr2:86041200-86042000	Enhancers	Foreskin Melanocyte Primary Cells skin03	Skin
17	chr2:86041200-86042200	Enhancers	Cortex derived primary cultured neurospheres	brain
18	chr2:86041200-86042400	Enhancers	Brain Dorsolateral Prefrontal Cortex	brain
19	chr2:86041400-86045200	Weak transcription	Ovary	ovary
20	chr2:86041400-86049600	Weak transcription	Lung	lung
21	chr2:86041600-86041800	Enhancers	Brain Anterior Caudate	brain

The 2.0 version of rSNPBase

Variant report

Quick Search:

what's new

Quick links