Variant report

Variant	rs4826550
Chromosome Location	chrX:57447568-57447569
allele	C/T
Outlinks	Ensembl UCSC

Chromatin state
Related regulatory elements
Target genes
Other information

Extended variants
information (count: 89 )
Associated
traits (count: 0)

rSNPs within LD-proxies of this variant (count:88)

rs_ID	r²[population]
rs1048358	1.00[ASW][hapmap];1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.85[LWK][hapmap];0.94[MEX][hapmap];1.00[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
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rs1116848	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];0.97[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.91[TSI][hapmap]
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rs1594503	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.91[TSI][hapmap]
rs1594508	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
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rs2116366	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
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rs2499555	1.00[ASW][hapmap];1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];0.96[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.85[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[TSI][hapmap]
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rs4587468	1.00[CEU][hapmap];0.93[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
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rs4826553	0.87[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];0.97[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.87[TSI][hapmap]
rs4826568	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
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rs5914085	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5914095	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5914097	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[TSI][hapmap]
rs5914100	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5914107	0.86[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs5914118	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
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rs5914980	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5914993	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5914994	0.88[ASW][hapmap];1.00[CEU][hapmap];0.93[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[TSI][hapmap]
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rs5915027	0.87[ASW][hapmap];1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.87[LWK][hapmap];0.89[MEX][hapmap];1.00[MKK][hapmap];0.94[TSI][hapmap]
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rs5960951	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[TSI][hapmap]
rs5960956	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[TSI][hapmap]
rs5960960	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[TSI][hapmap]
rs5960961	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs5960969	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];0.91[JPT][hapmap]
rs5960970	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5960980	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs6611612	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs6611615	0.87[CHD][hapmap]
rs6611626	0.87[ASW][hapmap];1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.85[LWK][hapmap];0.94[MEX][hapmap];1.00[MKK][hapmap];0.94[TSI][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs6612796	0.81[CHB][hapmap];0.87[CHD][hapmap]
rs7059676	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs717848	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];0.97[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.91[TSI][hapmap]
rs7885658	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs957721	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs980735	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]

Variant overlapped rSNPs/rCNVs (count:1 , 50 per page) page: 1

No.	Variant name	Chromosome position	Chromatin state	Related regulatory elements	Target genes	Extended variants	Associated traits
1	nsv519013	chrX:57405163-57928734	Enhancers Weak transcription Active TSS Flanking Active TSS ZNF genes & repeats Genic enhancers Bivalent/Poised TSS Transcr. at gene 5' and 3' Bivalent Enhancer Flanking Bivalent TSS/Enh Strong transcription	TF binding region CpG island Chromatin interactive region lncRNA	6 gene(s)	inside rSNPs	diseases

No data

Chromatin state (count:3 , 50 per page) page: 1

No.	Chromosome Location	Chromatin state	Cell line	Tissue
1	chrX:57433600-57450000	Weak transcription	Pancreas	Pancrea
2	chrX:57443000-57480800	Weak transcription	Primary T cells effector/memory enriched fromperipheralblood	blood
3	chrX:57446400-57448800	Weak transcription	Primary T helper cells PMA-I stimulated	--

The 2.0 version of rSNPBase

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