Variant report

Variant	rs1113635
Chromosome Location	chrX:57451600-57451601
allele	C/G
Outlinks	Ensembl UCSC

Chromatin state
Related regulatory elements
Target genes
Other information

Extended variants
information (count: 100 )
Associated
traits (count: 1 )

rSNPs within LD-proxies of this variant (count:99)

rs_ID	r²[population]
rs1048358	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[TSI][hapmap]
rs1073967	1.00[CEU][hapmap];0.93[JPT][hapmap]
rs10855185	1.00[CEU][hapmap];0.87[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];0.97[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.88[LWK][hapmap];0.94[MEX][hapmap];1.00[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];0.95[YRI][hapmap]
rs1116848	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];0.97[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[TSI][hapmap]
rs1160711	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[LWK][hapmap];0.94[MEX][hapmap];1.00[MKK][hapmap];0.93[TSI][hapmap];0.91[YRI][hapmap]
rs12393264	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[TSI][hapmap]
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rs12689809	0.84[ASW][hapmap];1.00[CEU][hapmap];0.81[CHB][hapmap];0.89[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.94[LWK][hapmap];0.96[MKK][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
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rs1469592	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs1560514	0.87[CHB][hapmap];0.86[CHD][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.82[TSI][hapmap]
rs1583200	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs1586242	0.91[YRI][hapmap]
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rs1864697	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs1997715	1.00[CEU][hapmap];0.93[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];0.88[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[TSI][hapmap]
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rs2060113	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];0.97[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[MEX][hapmap];0.96[TSI][hapmap]
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rs2116366	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
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rs4826550	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.83[MEX][hapmap];0.97[TSI][hapmap]
rs4826551	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs4826553	0.87[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];0.97[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.94[MEX][hapmap];0.90[TSI][hapmap]
rs4826568	1.00[CEU][hapmap];0.93[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
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rs5914085	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
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rs5914107	0.86[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
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rs5914993	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs5914994	1.00[CEU][hapmap];0.93[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.83[MEX][hapmap];0.97[TSI][hapmap]
rs5914999	0.84[ASW][hapmap];1.00[CEU][hapmap];0.87[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.94[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];0.96[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5915005	1.00[CEU][hapmap];0.93[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];0.94[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.90[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];0.95[YRI][hapmap]
rs5915016	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs5915019	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
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rs5960270	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.95[YRI][hapmap]
rs5960951	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.94[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];0.96[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5960956	0.84[ASW][hapmap];1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[LWK][hapmap];0.94[MEX][hapmap];0.96[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5960960	0.84[ASW][hapmap];1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];0.96[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5960961	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5960969	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];0.91[JPT][hapmap]
rs5960970	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs5960975	0.91[YRI][hapmap]
rs5960980	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs6611612	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs6611615	0.86[CHD][hapmap]
rs6611626	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.90[TSI][hapmap]
rs6612796	0.81[CHB][hapmap]
rs7059676	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs717848	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];0.97[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[LWK][hapmap];0.94[MEX][hapmap];1.00[MKK][hapmap];0.93[TSI][hapmap];0.95[YRI][hapmap]
rs7885658	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs957721	1.00[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs980735	1.00[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.95[YRI][hapmap]

Variant overlapped rSNPs/rCNVs (count:1 , 50 per page) page: 1

No.	Variant name	Chromosome position	Chromatin state	Related regulatory elements	Target genes	Extended variants	Associated traits
1	nsv519013	chrX:57405163-57928734	Enhancers Weak transcription Active TSS Flanking Active TSS ZNF genes & repeats Genic enhancers Bivalent/Poised TSS Transcr. at gene 5' and 3' Bivalent Enhancer Flanking Bivalent TSS/Enh Strong transcription	TF binding region CpG island Chromatin interactive region lncRNA	6 gene(s)	inside rSNPs	diseases

mRNA abundance (count:1)

SNP	Gene	Cis/trans	Tissue	Source
rs1113635	SPIN-2	cis	multi-tissue	Pritchard

Chromatin state (count:3 , 50 per page) page: 1

No.	Chromosome Location	Chromatin state	Cell line	Tissue
1	chrX:57443000-57480800	Weak transcription	Primary T cells effector/memory enriched fromperipheralblood	blood
2	chrX:57448000-57451800	Weak transcription	ES-I3 Cell Line	embryonic stem cell
3	chrX:57450800-57453800	Weak transcription	Pancreas	Pancrea

The 2.0 version of rSNPBase

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