Variant report

Variant	rs2116364
Chromosome Location	chrX:57395124-57395125
allele	C/T
Outlinks	Ensembl UCSC

Chromatin state
Related regulatory elements
Target genes
Other information

No.	Distal block	Cell Line	Cell type	Cell Stage
1	chrX:57388138..57390014-chrX:57392401..57395147,2	MCF-7	breast:

Extended variants
information (count: 96 )
Associated
traits (count: 1 )

rSNPs within LD-proxies of this variant (count:96)

rs_ID	r²[population]
rs1048358	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[TSI][hapmap]
rs1073967	0.93[CEU][hapmap];0.82[CHB][hapmap];0.93[JPT][hapmap]
rs10855185	1.00[ASW][hapmap];0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];0.97[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.81[LWK][hapmap];0.94[MEX][hapmap];0.96[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];0.95[YRI][hapmap]
rs1113635	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.94[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];0.96[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs1116848	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];0.97[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[TSI][hapmap]
rs1160711	0.92[ASW][hapmap];0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.91[LWK][hapmap];0.94[MEX][hapmap];0.96[MKK][hapmap];0.93[TSI][hapmap];0.91[YRI][hapmap]
rs12393264	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[TSI][hapmap]
rs12559310	1.00[ASW][hapmap];0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.88[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];0.96[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];0.86[YRI][hapmap]
rs12687268	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs12688558	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs12689809	0.93[CEU][hapmap];0.87[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.94[LWK][hapmap];1.00[MKK][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs12689811	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs1367830	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[TSI][hapmap]
rs1431677	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[TSI][hapmap]
rs1469592	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs1560514	0.94[CHB][hapmap];0.93[CHD][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.82[TSI][hapmap]
rs1583200	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs1586242	0.91[YRI][hapmap]
rs1594503	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.94[LWK][hapmap];0.94[MEX][hapmap];0.87[MKK][hapmap];0.93[TSI][hapmap];0.95[YRI][hapmap]
rs1594506	0.90[YRI][hapmap]
rs1594508	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs1601317	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs1601318	0.93[CEU][hapmap];0.87[CHB][hapmap];0.87[JPT][hapmap]
rs1835692	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs1835693	0.95[YRI][hapmap]
rs1835696	0.92[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs1835698	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs1864695	0.85[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs1864697	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs2015312	0.85[ASW][hapmap];0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.88[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];0.96[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];0.95[YRI][hapmap]
rs2060113	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];0.97[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[MEX][hapmap];0.96[TSI][hapmap]
rs2116365	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[TSI][hapmap]
rs2116366	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs2163537	0.93[CEU][hapmap];0.93[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs2195766	0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.91[YRI][hapmap]
rs2213510	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs2217529	0.95[YRI][hapmap]
rs2352862	0.86[YRI][hapmap]
rs2499549	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs2499550	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs2499555	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];0.96[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[TSI][hapmap]
rs2516019	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs2516020	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs2516023	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[TSI][hapmap]
rs4030473	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs4129399	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs4319228	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs4326513	0.87[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs4557841	0.80[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];0.91[GIH][hapmap];0.93[JPT][hapmap];0.96[TSI][hapmap]
rs4587468	0.92[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs4607761	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs4826346	0.85[ASW][hapmap];0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.88[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs4826349	0.92[ASW][hapmap];0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.91[LWK][hapmap];0.94[MEX][hapmap];0.96[MKK][hapmap];0.93[TSI][hapmap];0.95[YRI][hapmap]
rs4826550	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[TSI][hapmap]
rs4826551	0.86[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs4826553	0.81[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];0.97[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.94[MEX][hapmap];0.90[TSI][hapmap]
rs4826568	0.93[CEU][hapmap];0.88[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs538910	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];0.88[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.90[TSI][hapmap]
rs5914074	0.92[ASW][hapmap];0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5914084	1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs5914085	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs5914095	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs5914097	0.85[ASW][hapmap];0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.94[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[TSI][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5914100	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs5914107	0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs5914118	0.93[CEU][hapmap];0.88[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs5914961	0.91[YRI][hapmap]
rs5914962	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[TSI][hapmap]
rs5914980	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs5914993	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs5914994	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[TSI][hapmap]
rs5914999	0.85[ASW][hapmap];0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.94[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5915005	0.93[CEU][hapmap];0.88[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];0.94[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.84[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];0.96[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];0.95[YRI][hapmap]
rs5915016	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs5915019	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5915027	0.93[CEU][hapmap];0.93[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.90[TSI][hapmap]
rs5915047	0.95[YRI][hapmap]
rs5915052	0.85[ASW][hapmap];0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[MEX][hapmap];0.85[MKK][hapmap];0.97[TSI][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5960270	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.95[YRI][hapmap]
rs5960951	0.92[ASW][hapmap];0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.94[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5960956	0.85[ASW][hapmap];0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.97[LWK][hapmap];0.94[MEX][hapmap];1.00[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5960960	0.85[ASW][hapmap];0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.94[LWK][hapmap];1.00[MEX][hapmap];1.00[MKK][hapmap];1.00[TSI][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5960961	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs5960969	0.87[CEU][hapmap];0.93[CHB][hapmap];0.91[JPT][hapmap]
rs5960970	0.86[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs5960975	0.91[YRI][hapmap]
rs5960980	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs6611612	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs6611615	0.87[CHD][hapmap]
rs6611626	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];1.00[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.90[TSI][hapmap]
rs6612796	0.87[CHB][hapmap];0.87[CHD][hapmap]
rs7059676	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs717848	0.92[ASW][hapmap];0.87[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[CHD][hapmap];0.97[GIH][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.91[LWK][hapmap];0.94[MEX][hapmap];0.96[MKK][hapmap];0.93[TSI][hapmap];0.95[YRI][hapmap]
rs7885658	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];1.00[YRI][hapmap]
rs957721	0.93[CEU][hapmap];1.00[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap]
rs980735	0.93[CEU][hapmap];0.94[CHB][hapmap];1.00[JPT][hapmap];0.95[YRI][hapmap]

mRNA abundance (count:1)

SNP	Gene	Cis/trans	Tissue	Source
rs2116364	SPIN-2	cis	multi-tissue	Pritchard

Chromatin state (count:11 , 50 per page) page: 1

No.	Chromosome Location	Chromatin state	Cell line	Tissue
1	chrX:57388200-57401600	Weak transcription	Sigmoid Colon	Sigmoid Colon
2	chrX:57389800-57405200	Weak transcription	Primary T helper cells PMA-I stimulated	--
3	chrX:57390400-57419600	Weak transcription	Primary T cells from cord blood	blood
4	chrX:57390800-57421000	Weak transcription	Primary T helper cells fromperipheralblood	blood
5	chrX:57392000-57423600	Weak transcription	ES-I3 Cell Line	embryonic stem cell
6	chrX:57393800-57395200	Enhancers	Dnd41	blood
7	chrX:57394000-57395200	Enhancers	Brain Angular Gyrus	brain
8	chrX:57394000-57395200	Enhancers	Brain Anterior Caudate	brain
9	chrX:57394400-57395200	Strong transcription	Liver	Liver
10	chrX:57395000-57395200	Enhancers	Brain Inferior Temporal Lobe	brain
11	chrX:57395000-57395200	ZNF genes & repeats	Pancreas	Pancrea

The 2.0 version of rSNPBase

Variant report

Quick Search:

what's new

Quick links